AAWS ist auch verantwortlich für die frauenspezifische Forschung im Rahmen des Kompetenznetzes HIV/AIDS, dessen Gründung einen Meilenstein in der deutschen AIDS-Forschung darstellt. In einer gendersensiblen Studie im Rahmen des Kompetenznetzes wird untersucht, welche unterschiedlichen Beschwerden und Symptome Frauen und Männer während einer antiretroviralen Therapie berichten und auf welche Ursachen sie diese zurückführen. Ziel ist, jeweils 100 Frauen und Männer in mehreren Behandlungszentren mittels eines anonymen, auch in englischer Sprache vorliegenden Fragebogens zu befragen. An der Erhebung, die im Juni 2004 begonnen wurde, beteiligen sich sechs Zentren. Die Erhebung soll im Frühjahr 2006 abgeschlossen werden.