Nach dem Studium der Humanmedizin in Frankfurt und „Science“ (Biochemie, BSc Hons) an der Monash University in Melbourne zunächst tätig am Georg-Speyer-Haus in Frankfurt auf dem Gebiet des HIV-1 Korezeptors CCR5. Seit 2002 ist Christoph Königs in der pädiatrischen Immundefektambulanz am Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin der Goethe Universität in Frankfurt tätig in der Versorgung HIV-exponierter Kinder und HIV-infizierter Kinder und Jugendlicher. Wissenschaftlich beschäftigt er sich weiterhin mit der Interaktion von HIV und dem Korezeptor CCR5 und führt verschiedene Therapiestudien zur HIV-Infektion im Kindesalter durch. Hierbei liegt ein Schwerpunkt auf der Pharmakologie der ART im Kindesalter. Christoph Königs ist seit 2007 im Vorstand der Pädatrischen Arbeitsgemeinschaft AIDS e.V. vertreten und koordiniert die deutschen Zentren des europäischen Studiennetzwerkes PENTA und die Kinderkohorte des Kompetenznetzes HIV/AIDS im Rahmen des europäischen Kohortenverbundes EPPICC.